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Running Busco
A Singularity container is available for version 4.0.6 of Busco. To run it, you need to proceed as follows: $ module load singularityce $ export SINGULARITY_BINDPATH="/scratch,/users,/work" Some configuration files included in the container must be copied i...
Data management
Topic Data transfer between a laptop, a virtual machine, or a lab server and the DCSR NAS The DCSR NAS, or the "Network Attached Storage of the Scientific Computing and Research Support Unit", is one of the several NAS solutions available at UNIL. The DCSR N...
Access NAS DCSR from the cluster
The NAS is available from the login node only under /nas. The folder hierarchy is: /nas/FAC/<your_faculty>/<your_department>/<your_PI>/<your_project> Cluster -> NAS To copy a file to the new NAS: cp /path/to/file /nas/FAC/<your_faculty>/<your_department>/<...
Sensitive data on DCSR NAS
Since november 2023, new research projects should store their data using Tresorit. Please see the detailed documentation : https://wiki.unil.ch/ci/books/research-data-storage/chapter/donnees-sensibles-tresorit Current user of the NAS DCSR RECHERCHE-S/Boxcryp...
Give access to DCSR NAS files to an external collaborator
There are two administrative steps: The external collaborator must ask a UNIL account using this online form (go to "Obtenir un compte informatique personnel"). Warning: in the online form, the external collaborator have to write the name/email of the PI who ...
Jura
Jura is a cluster for the analysis of sensitive data and is primarily used by the CHUV. The Jura cluster is replaced by Urblauna Computing ressources 10 compute nodes cpt01: CPUs=40 Boards=1 SocketsPerBoard=4 CoresPerSocket=10 ThreadsPerCore=1 RealMemory=...
High Performance Computing
The DCSR team is able to help you regarding high performance computing topics including: using DCSR clusters when you're not able to perform your research and run computations on your local computer. harnessing the DCSR clusters (CPU and GPU) scaling your c...
Machine Learning
Machine learning methods are nowadays used in a wide variety of scientific domains. For example, - Unsupervised machine learning methods may be used as tools for data exploration and visualisation (dimension reduction and clustering), - Supervised machine le...
SWITCHfilesender from the cluster
Switch Filesender Filesender is a service provided by SWITCH to transfer files over http. Normally files are uploaded via a web browser but this is not possible from the DCSR clusters. In order to avoid having to transfer the files to your local computer it ...
Filetransfer from the cluster
filetransfer.dcsr.unil.ch https://filetransfer.dcsr.unil.ch is a service provided by the DCSR to allow you to transfer files to and from external collaborators. This is an alternative to SWITCHFileSender and the space available is 6TB with a maximum per user...
CryoSPARC
First of all, if you plan to use CryoSPARC on the cluster, please contact us to get a port number (you will understand later why it's important). CryoSPARC can be used on Curnagl and take benefit from Nvidia A100 GPUs. This page presents the installation in t...
Guide du thème Chaplin pour WordPress
Chaplin est l'un des thèmes proposés sur nos serveurs WordPress. Voici des explications pour utiliser quelques unes de ses nombreuses possibilités.Ses principales caractéristiques sont décrites dans notre liste des thèmes disponibles. Modèles de page Selo...
VMWare Fusion
Compatibilité et disponibilité macOS 11 ou plus récent Installation Mac Prérequis: disposer du lien et de la licence fournis par mail suite à une demande via notre service de distribution de logiciels Télécharger ...
VMWare Workstation
Compatibilité et disponibilité Windows 10 et plus récent Installation Windows Prérequis: disposer du lien et de la licence fournis par mail suite à une demande via notre service de distribution de logiciels Téléch...
Configuration de votre écran USB-C
L'UNIL se dote de nouveaux écrans Avec l'arrivée des nouveaux ordinateurs ayant des connectiques USB-C, l'UNIL renouvelle ses périphériques en se dotant d'écrans adaptés. Ces nouveaux écrans présentent plusieurs bénéfices comparés aux anciens : Un...
How to configure a USB-C monitor / screen
UNIL is changing its screens With the arrival of newer computers, UNIL is adapting and getting new screens compatible with the USB-C connector standard. Those new screens present a multitude of advantages compared to the old ones: A unique cable that need...
Installation d'un écran externe pour le télétravail
Installation d'un écran avec une connectique USB-C Les écrans dotés d'un port USB-C sont particulièrement simples à installer. En effet, ils n'ont besoin d'être connectés exclusivement sur le secteur électrique et sur votre machine. Tous les câbles nécessa...
Best Practices for Software Development
In progress
Database support for humanities
The DCSR provides support to researchers in the humanities for projects based on structured corpora (databases, digital libraries or collections, etc.). The DCSR carries out a technological watch to provide researchers and research groups in the humanities wi...
Conditions de prêt d'un écran pour le télétravail à l'Unil
La forme masculine employée dans ces pages a valeur de genre neutre et désigne aussi bien les femmes que les hommes. Le générique masculin est utilisé dans ce texte uniquement dans le but d'en alléger la forme et d'en faciliter la lecture. Pour qui ? : To...